はじめにお読みください
Windows Vista では boot.ini による設定変更が反映されなくなったようです。代わりに BCD (Boot Configuration Data) という領域に設定を反映させます。反映するには、Vista に付属されているツールである「bcdedit」というコンソールアプリケーションを使用します。
他にも WMI による変更も可能のようです。